Joana Pontes licenciou-se em Psicologia pela Faculdade de Psicologia e Ciências da Educação da Universidade de Lisboa, fez estudos em cinema na Escola Superior de Teatro e Cinema de Lisboa, e em televisão na RTP e na BBC. Em 2003, concluiu o Programa Avançado em Jornalismo Político no Instituto de Estudos Políticos da Universidade Católica de Lisboa. Em 2018, doutorou-se em História na especialidade de Impérios, Colonialismo e Pós-Colonialismo, pelo ISCTE-IUL. De 2004 a 2008, foi assessora da Direcção de Programas da RTP para a área do documentário.
Dedica-se à escrita e realização de documentários, leccionando nessa área na Escola Superior de Comunicação Social. Recebeu, em 2007, o Grande Prémio da Lusofonia atribuído ao documentário O Escritor Prodigioso, filme sobre a vida de Jorge de Sena. Em 2011, com a longa metragem documental As Horas do Douro, em co-autoria com António Barreto, recebeu o prémio da SPA. Em 2018 foi distinguida com o prémio Fernando de Sousa pela realização e co-autoria da série Europa 30. Foi membro da direcção da Liga dos Amigos do Arquivo Histórico Militar. Entre 2013 e 2015, foi membro do júri do Instituto do Cinema e do Audiovisual.