João Caraça é doutorado em Física Nuclear pela Universidade de Oxford e agregado em Física pela Universidade de Lisboa.
É director do Serviço de Ciência da Fundação Calouste Gulbenkian desde 1988, e, desde 2017, presidente do Conselho Geral da Universidade de Coimbra. Professor catedrático convidado do ISEG (Universidade de Lisboa), coordenou o mestrado em Economia e Gestão de Ciência, Tecnologia e Inovação. Foi consultor para a Ciência do presidente da República Jorge Sampaio (1996-2006).