Jan Morris recebeu ao nascer, em 1926, na pequena cidade inglesa de Clevedon, o nome de James Humphrey Morris. Apesar da identidade masculina, percebeu «aos três, talvez quatro anos», que tinha nascido «no corpo errado». Estudou história em Oxford e aos 17 anos ingressou, como voluntário, no Exército inglês. Mais tarde foi integrado no 9.º Regimento de Lanceiros, célebre pelo seu carácter de clube selecto entre a elite militar britânica. Foi como oficial do Exército que conheceu Veneza, imediatamente após a vitória dos Aliados na Segunda Guerra Mundial.
Depois de deixar a vida militar integrou a redacção do jornal The Times. Nessas funções, acompanhou a primeira expedição britânica a alcançar o topo do Evereste, em 1953. Mais tarde, Jan Morris diria que a experiência enquanto jornalista «arruinou para sempre» qualquer possibilidade de vir a escrever ficção. Apesar disso, publicou dois romances e uma colectânea de contos. Publicou o primeiro livro, na sequência de uma visita aos Estados Unidos da América, em 1956. Daí em diante, escreveu relatos de viagens, livros de história e ensaios. No início dos anos 60 iniciou um tratamento hormonal, num longo período de transição do sexo masculino para o sexo feminino. Essa transição seria concluída em 1972, com uma operação cirúrgica, em Marrocos. A partir de então, James Morris passou a usar o nome de Jan Morris. Continuou, no entanto, a viver na companhia de Elizabeth Tuckiness, com quem se tinha casado em 1949 e de quem teve cinco filhos. Filha de pai galês e de mãe inglesa, Morris vive no País de Gales, sendo adepta do nacionalismo republicano galês.
Foi distinguida com o doutoramento honoris causa por duas universidades galesas, a de Gales e a de Glamorgan.
Em 2008, o The Times incluiu-a entre os 15 maiores escritores britânicos do pós-guerra. Morreu em 2020, aos 94 anos, no País de Gales.